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En Viena asistió a los cursos que impartía el sociólogo Franz Brentano, quien influiría decisivamente en su formación filosófica. A partir de 1887 fue profesor en Halle, y en Gotinga desde 1906. En 1916 pasó a ser profesor titular de la Universidad de Friburgo, donde ejercería la docencia hasta su jubilación, en 1928. En sus primeros textos, como Filosofía de la aritmética, obra publicada en 1891, analizó la génesis y el empleo de los símbolos numéricos.

Sus escritos propiamente filosóficos comenzaron con la publicación, en 1900-1901, de Investigaciones lógicas, en la cual polemizó con el psicologismo y con la que se abre su pensamiento más original. Su intención era establecer una base epistemológica para la filosofía que la convirtiera en propiamente científica, base que halló en el método que llamó «fenomenológico» y que representa en cierta medida una modernización del trascendentalismo de Kant.

La conciencia (el ego) es la condición de posibilidad de cualquier conocimiento, y tiene la característica de ser «intencional», término tomado de Brentano, según el cual la conciencia es siempre «conciencia de algo», es decir, se refiere a un objeto. La evidencia primera viene dada por esta aparición del objeto a la conciencia, previa a cualquier interpretación subjetiva, y que constituye propiamente la esencia de los objetos. En este sentido, su lema fue volver «a las cosas mismas», aunque en realidad se refiere al objeto que aparece a la conciencia (fenómeno).

En su voluntad de resolver la clásica oposición entre racionalismo y empirismo, lo que propone el filósofo es la superación de una actitud naturalista y psicologista a través de un método por el cual el yo se convierte en espectador desinteresado de sí mismo y es capaz, de este modo, de reconstruir la estructura de la conciencia y el mundo como fenómeno que aparece en ella. La aspiración metodológica de la fenomenología evolucionó hacia una concepción propiamente idealista, según la cual la conciencia es lo que funda tanto el mundo objetivo como la intersubjetividad, esto es, la relación entre las personas, en un intento de sentar una aproximación renovada a la vida y a la independencia moral del sujeto.

Con la llegada del nazismo al poder en 1933, Edmund Husserl fue apartado de la docencia. Su filosofía se encuentra en la base de la llamada «escuela fenomenológica», de la que partieron Max Scheler y Martin Heidegger, en quien vio a su legítimo continuador, aunque las ideas expuestas por Heidegger en Ser y tiempo motivaron la ruptura entre ambos.